气相色谱仪长期使用后，进样衬管内会有焦油状物质，这是样品中的不挥发成分造成的。此外还会有颗粒状物质积存(隔垫碎屑，样品中的固体物质)这些都会干扰分析的正常进行。因此要定期检查，及时清洗。注意，气相色谱仪在衬管中填充一些经硅烷化处理的石英玻璃毛，既可提高样品的汽化效率，又能防止隔垫碎屑进入气相色谱仪色谱柱造成堵塞。
气相色谱仪对温度环境的要求并不特殊，一般在5～35℃的室温条件下即可满足操作要求，对于湿度环境一般要求在20%～85%为宜。在高湿度的地区，使用某些型号的气相色谱仪价格时，会因为环境湿度大而导致气相色谱仪的绝缘性能下降，若在高灵敏度挡位操作响应值则会下降。工作人员在使用气相色谱仪时遇到上述现象应该采取必要的措施。
气相色谱仪使用细节
①气相色谱仪必须放在有充足光线和干燥的房间，不可在有酸碱气体、潮湿的实验室中使用，不可放置于高温炉、水槽旁。
②供试品的折光率受温度影响较大，因此在测定时需恒定温度至少半小时。
③上、下棱镜必须清洁，勿用粗糙的纸或酸性乙mi擦拭棱镜，气相色谱仪不能用于强酸性、强碱性、腐蚀性供试品的测定。
④气相色谱仪滴加供试品时注意玻璃棒或滴管尖不能触及棱镜，以免产生划痕。加入的量要适中，不得有气泡进入。
⑤测定挥发性液体时，可将上、下棱镜关闭，将测定液沿棱镜进样孔滴入，随加随读数。测定固体样品或用标准玻片校正气相色谱仪时，只能将固体样品或标准玻片置于测定棱镜上，而不能关闭上、下棱镜。
⑥气相色谱仪测定结束时，必须用能溶解供试品的溶剂（如水、乙醇、乙mi）将上、下棱镜擦拭干净并晾干。
